Muzeum Archeologiczne w Krakowie jest najstarszym polskim muzeum archeologicznym. Utworzono je jako Muzeum Starożytności, z inicjatywy intelektualistów krakowskich skupionych w Towarzystwie Naukowym Krakowskim (dalej: TNK). Akt powołania muzeum spisano 18. lutego 1850 r., wyznaczając skład komitetu założycielskiego, w którym znaleźli się: Józefa Muczkowski – dyrektor Biblioteki Jagiellońskiej (przewodniczący komitetu), Karol Kremer – dyrektor budownictwa Rzeczypospolitej Krakowskiej (sekretarz), Wincenty Pol – poetę i profesor pierwszej w Polsce katedry geografii na UJ oraz Teofil Żebrawski – architekt, inspektor komunikacji lądowych i wodnych. Na potrzeby powstającej instytucji przygotowano dokumenty do władz krajowych, w których m.in. przedstawiono projekt „przywileju pierwszeństwa do wszystkich kopalnych przedmiotów przypadkiem znalezionych”. W 1857 roku zorganizowano w Krakowie pierwszą Wystawę Starożytności (w Pałacu Lubomirskich przy ul. św. Jana 17), na której pokazano „zabytki przeszłości” ofiarowane przez Polaków, a wśród nich odkryty w Zbruczu posąg „Światowida”, będący do dziś symbolem muzeum.

Przez kilkadziesiąt lat muzeum funkcjonowało jako agenda, kolejno: TNK, Akademii Umiejętności (dalej: AU), Polskiej Akademii Umiejętności (dalej: PAU) i Polskiej Akademii Nauk (dalej: PAN).

W roku 1891 Muzeum Archeologiczne zostało wyodrębnione jako samodzielna, specjalistyczna placówka AU. W roku 1955 muzeum stało się samodzielną jednostką pod zarządem Ministerstwa Kultury i Sztuki. W roku 1958 podporządkowano je Radzie Narodowej miasta Kraków, a w latach 1990-1998 Wojewodzie Krakowskiemu. W roku 1999 Muzeum stało się instytucją samorządową, podporządkowaną obecnie Marszałkowi Województwa Małopolskiego.