Das Archäologische Museum in Krakau ist das älteste polnische archäologische Museum. Es wurde als Museum der Antike auf Initiative von Krakauer Intellektuellen gegründet, den Mitgliedern der Krakauer Wissenschaftlichen Gesellschaft (nachfolgend: TNK). Die Gründungsurkunde des Museums wurde am 18. Februar 1850 niedergeschrieben und legte die Zusammensetzung des Gründungsausschusses fest, in dem sich folgende Persönlichkeiten befanden: Józef Muczkowski – Direktor der Jagiellonen-Bibliothek (Vorsitzender des Dichter und Professor des ersten polnischen Geographie-Lehrstuhls an der Jagiellonen-Universität und Teofil Żebrawski – Architekt, Land- und Wasserverkehrsinspektor. Für die Bedürfnisse der entstehenden Institution wurden Dokumente für die staatlichen Behörden erstellt, in denen u. a. das Projekt „Vorzugsrecht auf alle zufällig gefundenen Ausgrabungen“ vorgestellt wurde. 1857 wurde in Krakau die erste Antiquitätenausstellung organisiert (im Lubomirski-Palast in der ul. św. Jana 17), die von Polen dargebrachte „Denkmäler der Vergangenheit“ zeigte, darunter die in Zbrucz entdeckte Statue von Svantovit (Idol von Sbrutsch), die bis heute ein Symbol des Museums ist.
Für mehrere Jahrzehnte funktionierte das Museum nacheinander als Filiale: der Krakauer Wissenschaftlichen Gesellschaft (TNK), der Akademie der Gelehrsamkeit (nachfolgend: AU), der Polnischen Akademie der Gelehrsamkeit (PAU) und der Polnischen Akademie der Wissenschaften (PAN).
1891 wurde das Archäologische Museum als eigenständige, spezialisierte AU-Institution ausgegliedert. 1955 wurde das Museum eine eigenständige Einheit unter der Leitung des Ministeriums für Kultur und Kunst. 1958 unterstellte man es dem Nationalrat der Stadt Krakau und 1990-1998 dem Krakauer Woiwoden. Im Jahr 1999 wurde das Museum zu einer kommunalen Einrichtung, die gegenwärtig dem Marschall der Woiwodschaft Kleinpolen unterstellt ist.