Коллекция предметов древнего Египта, собранная в Археологическом музее в Кракове, сложилась из разных поступлений. Древнейшим саркофагом и одним из первых египетских экспонатов в Кракове является саркофаг эпохи XXI династии, в котором была погребена жена жреца Амона из Карнака по имени Неси-Чонсу. В 1907 году в музее появились саркофаги из Эль-Гамхуд в центральном Египте, обнаруженные в результате раскопок, организованных первым польским египтологом, жителем Кракова Тадеушом Смолиньским.
Часть предметов коллекции была найдена в результате совместных раскопок, организованных Краковской и Венской академиями в 1910-1914 годах в Нижней Нубии и Тура к востоку от Каира под руководством Германа Юнкера.
Третья и самая большая коллекция – это наследие полевого Музея Польской армии на Ближнем Востоке, созданного во время Второй мировой войны Ярославом Саганом. После войны коллекция была передана Польской академии знаний, а в конце 1948 года ее отправили в Краковский археологический музей. Она содержит предметы быта и искусства древних обитаталей страны на берегах Нила. Древнейшим экспонатом является известняковая статуэтка сидящего человека эпохи V династии (ок. 2500-2320 гг. до н.э.), а самыми молодыми – фрагменты коптских туник и скульптур III-VIII вв. н.э.
В коллекции представлены редкие мумии, наполненные землей и зерном.